分析蛋白质的方法学现已极大的简化和改进.必须承认，蛋白质纯化比起DNA 克隆和操作来是更具有艺术性的，尽管DNA 序列具有异乎寻常的多样性（因而它是唯yi适合遗传物质的），但它却有标准的物理化学性质，而每一种蛋白质则有它自己的由氨基酸序列决定的物理化学性质（因而它具有执行众多生物学功能的用途）.正是蛋白质间的这些物理性质上的差异使它们得以能进行纯化，但这也意味着需要对每一种待纯化的蛋白质研发一套新的方法.所幸的是，尽管存在这种固有的困难，但现已有多种方法可以利用，蛋白质纯化策略也已实际可行.目前，待研究蛋白或酶的基因的获得已是相当普遍的事.可诱导表达系统特别是Studier 等发展的以噬菌体T7RNA 聚合酶为基础的表达系统的出现使人们能近乎常规地获得过表达（over-expression），表达水平可达细胞蛋白的2%以上，有些甚至高达50%.
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