一细胞的裂解
单层细胞的裂解
悬浮培养的细胞或组织单细胞悬液的裂解
a.单层细胞的裂解
a)吸出培养液,以7ml用冰预冷的无钙镁离子磷酸缓冲盐溶液PBS冲洗细胞培养皿内的单层细胞,重复1次,将平板置于冰上直至所有单层细胞冲洗完毕。也可将平板放在一块铝板上,再将铝板置于冰盘上。
b)直径为90mm的培养皿需加0.5mlRNA提取缓冲液,并使之遍布整个平板的表面。
RNA提取缓冲注液
0.14mol/LNaCl
1.5mmol/LMgCl2
10mmol/LTris.Cl(pH8.6)
0.5%NP-40
1mmol/L二硫苏糖醇(DTT)
100单位/ml胎盘RNA酶YZ剂或20mmol/L氧钒核糖核苷复合物
c)加0.5ml蛋白酶消化缓冲液,用刮棒混匀粘稠状裂解物并将其刮到平板的边缘。
蛋白酶消化缓冲液
0.2mol/LTris.Cl(pH8.0)
25mmol/LEDTA(pH8.0)
0.3mol/LNaCl
2%SDS
d)用装有21号针头的皮下注射器抽吸细胞裂解物,再将其注入聚丙烯管内。重复3-4次,剪切DNA。
c)加蛋白酶K至终浓度为200μg/ml,充分混匀后置于37℃温育30分钟。
蛋白酶K以贮存液的形式保存,贮存液为20mg/ml蛋白K溶液。
b.悬浮培养的细胞或组织单细胞悬液的裂解
a)于4℃以2000g离心5分钟收集细胞,以10倍体积用冰预冷的无钙镁离子磷酸缓冲液悬沉淀,洗涤细胞3次,每次均用大口径的吸管轻轻吹打细胞沉淀,使其彻底分散。
b)估计细胞沉淀的体积,用10-20倍体积的RNA提取缓冲液重悬之。
c)加入与步骤b)所加RNA提取缓冲液体相同的蛋白酶消化缓冲液,用振荡器迅速混匀。用装有21号针头的皮下注射器抽吸细胞裂解物,再将其注入聚丙烯管内。重复3-4次,剪切DNA。
d)加蛋白酶K至终浓度为200μg/ml,充分混匀后置于37℃温育30分钟。蛋白酶K以贮存的形式保存,贮存液为20μg/ml蛋白酶K水溶液。
二提取步骤
1)用等体积酚:氯仿抽提1次,以去除蛋白质。
2)用吊桶式转头于室温以5000g离心10分钟使水相与有机相分相,将水相吸至一个新的离心管内,加2.5倍体积用冰预次序的乙醇,充分混匀,于0℃放置1小时。
3)于0℃以5000g离心10分钟沉淀RNA,弃上清,用含0.1mol/L乙酸钠(pH5.2)的70%乙酸洗涤沉淀,用自动微量移液器尽可能将乙醇吸尽,随后于室温放置几分钟,晾干沉淀。切勿抽干沉淀,因为干的核酸沉淀很难溶解。
4)每个直径为90mm的培养皿或每107细胞加200μl50mmol/LTris.Cl(pH7.8)1mmol/LEDTA(pH8.0)溶液重溶沉淀。
5)分别按10mmol/L和0.1mmol/L的深度加MgCl2和二硫苏糖醇(DTT),然后分别按1000单位/或10mmol/L的终深度加台盘RNA酶YZ剂或氧钒核苷复合物。
6)加入无RNA酶的胰DNA酶I至终浓度为2μg/ml,混匀,于37℃温育60分钟。
7)分别按10mmol/L和0.2%的终浓度加EDTA和SDS。
8)用等体积酚:氯仿抽提1次。
9)于室温以5000g离心10分钟使水相与有机相分相,将水相吸至另一个离心管内,加3mol/L乙酸钠(pH5.2)至终浓度为0.3mol/L,加2.5倍体积用冰预次的乙醇,充分混匀,冰浴放置2小时。
10)用微量离心机于4℃以12000g离心5分钟沉淀RNA。
11)吸出所有的乙醇,将打开管盖的离心管在实验台放置几分钟,让Z后残存的痕量乙醇挥发干净。
12)用200μlTE(pH7.6)重溶沉淀,加500μl乙醇,于-70℃贮存备用。回收DNA时,只须取出1小份贮存液,加入3mol/L乙酸钠(pH5.2)至终浓度为0.3mol/L,充分混匀,用微量离心机于4℃以12000g离心5分钟即可。
三注意事项
1.测定Z终所得溶液的OD260值可以确定RNA的浓度。取10μl乙醇/TE混合液[步骤13)]离心沉淀RNA,以400水重溶,测定OD260值,OD260=1的RNA溶液每毫升约含40μgRNA。
2.如果需要,可用oligo(dT)-纤维素层析法从所制备的细胞总RNA中纯化无寡脱氧核糖核苷酸污染的mRNA或购买试剂盒进行mRNA的纯化。
3.某些情况下(例如从感染了DNA病毒或用DNA转染的细胞中制备RNA时),必须从细胞总RNA中去除寡脱氧核核苷酸。否则,当用这种RNA构建cDNA库或进行引物延伸反应时应会出问题,反转录过程中法染的模板DNA片段可能会与RNA杂交而充当引物,从而导致物定mRNA5'末端定位的错误或产生截短的cDNA克隆。
a)步骤12后,加200μl3mol/L乙酸钠(pH5.2),用自动微量移液器反复吹吸,以重悬核酸沉淀,将悬浮液移至另一个灭菌的微量离心管内。
b)用微量离心机于室温以12000g离心10分钟,RNA沉于管底,而绝大部分寡脱氧核糖核苷酸仍在上清中。
c)弃上清液,用200μlTE(pH7.6)重溶沉淀。加入20μl3mol/L乙酸钠(pH5.2),分混匀,加入550μl用冰预冷的乙醇。混匀溶液,在冰上骤冷30分钟。用微量离心机于4℃以12000g离主10分钟,以回收RNA。小心吸出上清。d)弃上清液,用300μlTE(pH7.6)重溶沉淀,加1ml乙醇,-70℃贮存备用。
回收RNA时,只需取出1小份贮存液,加3mol乙酸钠(pH5.2)至终浓度为0.3mol/L充分混匀,用微量离心机于4℃以12000g离心5分钟即可。如需去除氧钒核糖核苷复合物,用含0.1%羟喹啉的苯酚[用0.01mol/LTris.Cl(pH7.8)平衡]将RNA终溶液抽提数次即可。
4.对大多数细胞株来说,一个直径90mm培养甲中培养的RNA收率为100-200μg
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