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外泌体研究新人如何申报国自然基金?这些问题你应该注意!

赛默飞色谱与质谱中国 2020-04-11

什么是外泌体?

外泌体(Exosome)是由细胞膜内陷形成多泡体,通过内吞途径,与质膜融合分泌形成。直径在30-140 nm之间,其内携带了核酸、蛋白、脂质等生命物质,承担了重要的胞间通讯、物质传递、免疫互作等生物学功能。

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外泌体研究——国自然新贵

2013年,随着囊泡运输调控机制获得诺贝尔生物医学奖,外泌体相关的研究开始逐步受到重视。2015年以来见证了外泌体研究的飞速发展,广泛涉及到癌症、心血管、神经系统疾病等各个领域,相关文献和国自然资助项目数量都大幅增加。

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2014-2019年国自然外泌体相关课题中标金额(单位:亿元)

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2009-2019年Pubmed外泌体相关科研论文数量

外泌体项目申报

-蛋白质组学、代谢组学前景广阔

外泌体相关的国自然资助总额保持高速增长。近两年相关项目数目增多,单个项目平均金额降低,这意味着申报难度变大。因此,外泌体新人需要谨慎选择申报方向,鼓励从0到1的研究,避免扎堆。根据外泌体中携带的主要生命物质(Nucleic acids, Protein, Lipids),转录组学、蛋白组学、代谢组学相关技术手段可切入外泌体相关研究。目前国自然相关的外泌体项目主要集中在转录组学方向,蛋白/代谢组学相关研究较少,对于外泌体新人而言是良好的机遇。

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质谱是蛋白质、代谢物检测的主要平台

以质谱为主要技术手段的组学研究,外泌体的分离以超速离心法为主要手段[1,2]。超离法得到的外泌体通常样本量通常较小,Orbitrap质谱可提供超高分辨和超高灵敏度,是突破该研究瓶颈的强有力技术保障。


典型案例1:

2015年发表于Nature上的文献“Tumour exosome integrins determine organotropic metastasis”即利用Q Exactive质谱平台,对不同肿瘤细胞来源的外泌体进行蛋白质组学相对定量分析,结果表明不同器官转移倾向性的外泌体拥有不同的细胞粘附受体蛋白,与肿瘤转移的器官倾向性有关[3]。该研究阐释了外泌体在肿瘤转移机制中发挥的重要作用。


典型案例2:

外泌体也有望成为疾病的生物标志物,应用于临床血检。2017年发表于PNAS的一项研究[4]对健康组vs乳腺癌组来源的外泌体中携带的磷酸化蛋白质进行相对定量分析,发现血样外泌体中四种磷酸化蛋白有望成为乳腺癌诊断biomarker。此外,研究人员对候选biomarker采用PRM(Parallel Reaction Monitoring)技术进行了靶向验证。PRM技术结合了四极杆的高选择性和Orbitrap的高分辨率的双重优点,能够对靶蛋白二级质谱进行独立的定性定量研究。根据此项研究,医生可能实现通过简单血检来检测癌症,减少不必要的侵入性操作。


总 结:

质谱驱动的蛋白/代谢组学在外泌体研究中尚属鲜见。基于蛋白和脂质分子在医学研究中的重要价值,该领域或可成为外泌体国自然申报新的机遇。Orbitrap平台可为外泌体质谱检测提供高质量的数据和多元化的分析模式,成为项目申报的硬实力保障。


申报外泌体国自然项目的小建议

质谱驱动的蛋白质/代谢组学申报外泌体国自然项目的6条小建议,希望对各位老师申请有所帮助。


01外泌体制备

不同的样本提取(细胞上清液、体液、血清/血浆)外泌体提取难度不同,Z适合的参数也不尽相同,需要参考不同的方法学文献,进行摸索、确认,获得高质量的外泌体提取物。

02拟一个好的标题

标题中尽量避免使用过于宽泛的词汇,如组学、非靶向、机制研究等,而Z好聚焦在研究的具体目的上,如“A干预B信号轴在C方面的影响”。

03摘要

摘要对于评委的影响至关重要,需要高度浓缩、中文精炼、英文地道,尽量突出创新点。

04立项依据

在这部分需广泛阅读参考文献,聚焦研究领域的前沿进展,并由此延伸出本项目的研究价值,结合实际情况论述研究的意义和立项的必要性。

05研究内容/研究方案

应囊括项目的核心实验、验证实验,以及其转化应用价值,展示研究纵深。技术路线完整而清晰,点明科学问题的创新性。

06工作基础

工作基础包括硬性基础(实验条件)和软性基础(项目成员),不足之处可以通过合作申报予以弥补。前期工作(预实验和已发表论文)Z好围绕同一个主题,讲述同一个科研故事。


作者:宁婵娟,博士,赛默飞世尔科技色谱与质谱(ZG)组学市场拓展经理,ZG协会肿瘤标志物专委会外泌体技术专家委员会常委。


参考文献:

[1] Sequential phosphoproteomics and N-glycoproteomics of plasma-derived extracellular vesicles. 2019, Nature Protocols.

[2] Protein Profiling and Sizing of Extracellular Vesicles from Colorectal Cancer Patients via  Flow Cytometry. 2018, ACS Nano. 

[3] Tumour exosome integrins determine organotropic metastasis. 2015, Nature. 

[4] Phosphoproteins in extracellular vesicles as candidate markers for breast cancer. 2017, PNAS.


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