通过对植物基因组进行de novo测序,可以获得该物种的基因组序列图谱,可以从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究,加深我们对物种的认识,在新基因的发现、物种改良等方面发挥巨大作用;
在已知植物基因组的情况下,对物种内的不同个体或某个个体的不同组织进行基因组重测序,可以在全基因组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异。通过这种方法,可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDel,Insertion Deletion),结构变异位点(SV,Structure Variation),拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)等变异信息,从而获得生物群体的遗传特征。这对在群体水平上研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择等方面具有重大意义。利用全基因组重测序有助于快速发现与植物重要性状相关的遗传变异,缩短分子育种的实验周期等。