先用蛋白酶和肽酶处理得到氨基酸，然后用有机溶剂萃取，再进行分馏。
一，植物中游离氨基酸的提取；
1，烘干材料中游离氨基酸的提取:
从植物的叶片、叶脉及种子中提取游离氨基酸一般先需要干燥处理，叶片、叶脉要在105~110摄氏度杀青，然后60~80摄氏度烘干、粉碎，过40目筛。一些研究者用75%或80%的酒精作溶剂从粉碎原料中提取氨基酸，也有用蒸馏水作萃取溶剂提取，提取的方法是常温或加热到一定温度(小于100摄氏度)用一定体积分数的萃取溶剂浸泡2~6h，或加热回流20~30min，为了使原料中的游离氨基酸尽可能得以溶解，提取过程需重复2~3次，然后合并提取液、过滤，蒸发掉乙醇，既得到了氨基酸粗提液。也有人采用蒸馏水作溶剂超声波提取提取的方法，或在室温下样品用50%乙醇浸泡微波萃取，然后离心过滤，若用氨基酸自动分析仪测定氨基酸的含量，常用2%~5%的磺基水杨酸水溶液浸提。
2，鲜叶片或鲜果肉中游离氨基酸的提取：
鲜叶片或鲜果肉中游离氨基酸的提取鲜叶片或鲜果肉一般用10%CH3COOH研磨或匀浆来进行提取，但由于鲜叶片或鲜果肉中的蛋白酶能水解蛋白质，造成游离氨基酸含量升高，故研磨要在冰浴中进行，新鲜材料中的脂、蛋白质、糖等易被提出，需加入一定的试剂除去。通常用10%三、一定浓度的醋酸铅、磺基水杨酸或95%乙醇加入过夜沉淀，然后离心或过滤的方法除去蛋白质，用乙酸乙酯或萃取以除去脂类等。
二，游离氨基酸的纯化；
从植物中提取的氨基酸粗提液中含有较多的色素、可溶性糖、有机酸及其他杂质，有必要对氨基酸粗提液进一步进行纯化，以便下一步进行氨基酸含量的测定。
Z常用的纯化方法是用732阳离子交换树脂进行纯化。
732阳离子交换树脂在使用前要进行预处理，用一定浓度的盐酸浸泡树脂24h以上，然后用蒸馏水漂洗至中性，为的是除去树脂中的杂质，并使其完全转化成氢型阳离子交换树脂，湿法装柱，注意树脂间不能存有气泡，把氨基酸粗提液经适当浓缩到小体积后，倒入树脂柱中，让其缓慢流入树脂层，当氨基酸植物中游离氨基酸的提取、纯化及分析方法粗提液全部进入树脂后，停留10min，以便使氨基酸充分结合到树脂上，接着用一定量的蒸馏水冲洗树脂，以吸取色素、水溶性糖等杂质，当流出液变清后，用0.5~4mol/L的氨水进行洗脱，收集洗脱液至用茚三酮检测无色为止。把洗脱液用旋转蒸发仪减压浓缩至干。用0.1mol/L盐酸溶解并定容之一定体积即可。该方法氨基酸损失，纯化效果好，故Z常用于植物中提取的游离氨基酸的纯化。
也有研究者用活性炭进行纯化，把具有较强吸附能力的活性炭直接加入到氨基酸粗提液中，加热一段时间，然后过滤，以除去色素等，但活性炭对部分氨基酸也能吸附，造成氨基酸的损失
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