对16S rRNA可以进行哪些分析（包括方法）？？

蛋白质序列分析及结构预测：1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（Compute pI/Mw）2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass） 5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred 3）多物种分子系统发育分析：EMBL（www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W

先在NCBI进行序列比对，搜索相似性高的序列，用诸如mega等软件建进化树，网上好多，搜索一下

ExPASY工具从蛋白质序列出发，可以预测蛋白质的许多化学理化性质，包括理论等电点、相对分子质量、酶切特性、疏水性、电荷分布等。那疏水性来说，依据氨基酸分值越低亲水性越强，分值越高疏水性越强的规律。这个要通过你多看看生物信息学方面知识了，祝你好运