水是极性分子,酞与氯仿是非极性分子,当蛋白水溶液与酚或氯仿混合时,酚或氯仿就会挤去蛋白质分子之间的水分子,使蛋白失去水合状态而变性。变性蛋白质的密度经过离心以后大于水的密度,所以和水相分离,在水相下面沉淀,从而和在水相中溶解的DNA分开。而而酚与氯仿有机溶剂有着更大的比重,在Z下层保留。作为表面变性的酚与氯仿,对于蛋白质的去除,各有利弊,酚的变性作用更大,然而酚与水相有一定程度的互溶,在酚相中大约溶解0%~15%的水,所以使得这部分水相中的DNA损失了,然而氯仿没有如酚一般好的变性作用,然而氯仿与水不相混溶,,不会将DNA带走。因此在抽提过程中,想要达到Z好的效果,应当混合使用酚与氯。经酚diyi次抽提后有酚残留在水相中,因为酚与氯仿是互溶的,能够使用氯仿对蛋白质进行第二次变性,在这个时候,能够带走酚。也能够在第二次抽提时将酚与氯仿以1:1的比例混合使用。