如何利用pymol分析受体与配体结合位点的氨基酸

Pymol 是一个结构显示和分析程序. 它是用python编写的所以叫pymol，相应的还有Jmol 等。 Pymol 的好处是做出来的图很炫。很多牛人用它做图发文章，蛋白质结构预测里面现在Z牛的Baker，他们2005年Science的文章中那些漂亮的图可都是Pymol做出来的。 再者Pymol是开源的（1.0之前的版本现在还是开源的，1.0版以后可以申请教师用的免费版，现在版本是1.0），Python也是开源的。以后大家可以对Pymol进行扩展，打造自己的三维结构显示软件。 Pymol可以精确定量你的操作，并放在一个文件中(或者是记录这时的状态）。 下次你用Pymol再打开这个文件时，你做的图就会重新出现，你所做的一切都保留下来了，不用重新在做一遍。 不会出现这次做出的图比上次少转了3-5度这样的事。Pymol还可以对pdb文件进行编辑，修改，它选择原子、分子、残基等也非常方便！ 还有很多好处比如从虚拟氨基酸突变，到ray方法产生真正的三维立体阴影图。