如何寻找一个基因的甲基化调控位点

找甲基化位点也就CpG岛一般是有以下几个方法：
1. MSP，亚硫酸氢盐转化后，将你想测的基因区域（如启动子区）转入细菌质粒中，进行测序（金标准）。挑克隆7/10是甲基化的克隆认为这个位点70%甲基化。大概可以测400+片段，但是问题是没有办法太精确，因为测得越多越精确，测太多太贵。
2. 焦磷酸测序，这里指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸测序，亚硫酸氢盐转化后，对于启动子片段进行PCR扩增，测序，测出甲基化程度，仪器中Q24有FDA的认证，可以合作开发开发试剂盒。大概可以测60-70bp片段，胜在快速和稳定，但是引物设计成功率不高50%左右，适合小样本。
3. MassARRAY平台进行甲基化检测，用的是质谱法，也是亚硫酸氢盐转化，针对目标片段可以Z多到500bp，但是问题是要求样本量一般比较大，位点数*样本数要等于384才好做，至少大于300因为那东西一张片子384，用两次就废了，一周不用完也废了。
4. 甲基化芯片如果你一还没有找到基因那你用这个做个初筛不错。
5. 甲基化测序，这个比较高端，也比较贵，25000一个，一般来说是去筛选未知的一些甲基化位点的方式，全基因组范畴，效果拔群。