Gwas和二代测序是不是一回事？

不是。
GWAS全基因组关联研究（Genome Wide Association Studies，GWAS）是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因，从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法。
简单来说是测多个个体的大部分基因序列，大量地测序然后比对。

第二代测序：边合成边测序（Sequencing by Synthesis)，即通过捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列，现有的技术平台主要包括Roche/454 FLX、Illumina/Solexa Genome Analyzer和Applied Biosystems SOLID system。
简单说是一种测序方法手段。

所以第二代测序只是实现GWAS的一种方法手段，现在已经出现了第三代测序方法。
刚开始基因组计划的时候，第二代测序仪还没出来呢。。。那个时候测序还是diyi代的方法。
虽然目前的测序主要以第二代测序为主。不过发展这么快，再过几年GWAS说不定都用新技术了。

不是一个概念。GWAS是genome wide association study，是利用各种高通量测序技术，对全基因组做测序，对未知的疾病相关基因等做分析。而后者则是第二代测序技术，也是一种高通量测序技术。