激光共聚焦显微镜可以代替荧光显微镜吗

不能。
因为共聚焦的光源是激光，激光有一定的危险性，激光照射的时候不能通过目镜观察，在需要荧光观察配合显微操作的时必须用荧光显微镜。
激光的波长在紫外波段不是特别丰富，比如钙成像需要的FURA-2探针，需要340和380波长的双激发，就没有合适的激光，此时用荧光显微镜就比较方便。
还有些比较容易进入三线态的染料，因为激发后发光的时间比较长，不适合共聚焦的扫描成像，只能用荧光显微镜CCD成像。