蛋白在凝胶上移动速度为什么跟分子量有关

这个和凝胶过滤的介质结构有关，凝胶填料是某些惰性的多孔网状结构物质，多是交联的聚糖如葡聚糖或琼脂糖类物质。
当小分子物质能进入其内部，流下时路程较长，而大分子物质却被排除在外部，下来的路程短，所以蛋白在凝胶上移动速度跟分子量有关系。

由于与蛋白质结合的SDS呈解离状态，使蛋白质亚基带上大量负电荷，其数值大大超过蛋白质原有的电荷密度，掩盖了不同亚基间原有的电荷差异。各种蛋白质-SDS复合物具有相同的电荷密度，电泳时纯粹按亚基靠凝胶的分子筛效应进行分离。有效迁移率与分子质量的对数成很好的线性关系。