制霉菌素主要用于内服ZL消化道真菌感染或外用于表面皮肤真菌感染。如牛的真菌性胃炎、鸡和火鸡哺囊真菌病等，对曲霉菌、毛霉菌引起的乳腺炎，乳管灌注也有效。对烟曲霉引起的雏鸡肺炎，喷雾吸入也有效。本品也用于长期服用广谱抗生素所致的真菌性二重感染。
