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GX毛细管电泳色谱仪（CE）的分离模式有毛细管区带电泳、毛细管胶束电泳色谱、毛细管凝胶电泳、毛细管等电聚焦电泳、毛细管等速电泳、毛细管阵列电泳和毛细管芯片电泳等。
一、毛细管区带电泳（CZE）：
CZE又称毛细管自由电泳，由于操作简单、多样化，是目前CE中Z基本、应用Z广泛的一种分离模式。
在CZE中，毛细管内只充入缓冲溶液，在直流高压驱动下．溶质以不同的速度在分立的区带内进行迁移而被分离，由于电渗流的存在，正负离子都可用CZE分离，而中性分子本身在电场中不移动，随电渗流一起流出毛细管。
CZE的应用范围很宽，可分离氨基酸、多肽、离子和对映体等。
二、毛细管胶束电泳色谱（MECC）：
在MECC中，把一些离子型表面活性剂（如十二烷基硫酸钠）加到缓冲液中，当其浓度超过临界胶束浓度后，形成有一疏水内核、外部带负电的胶柬。溶质在水相和胶束相（准固定相）之间产生分配，中性粒子因其本身疏水性不同，在两相中分配存在差异而得以分离。MECC使CE能用于中性物质的分离，拓宽了CE的应用范围，是对CE的极大贡献。
三、毛细管凝胶电泳（CGE）：
CGE是将平板上的凝胶移到毛细管中作支持物而进行的电泳，凝胶具有多孔性，起类似分子筛的作用，溶质按分子大小进行分离。凝胶能减小溶质的扩散，峰型尖锐，能达到CE中的Zgao柱效。常用聚丙烯酰胺在毛细管内交联制成凝胶柱，可分离测定蛋白质和DNA等，但柱制备比较困难，使用寿命短。
四、毛细管等电聚焦电泳（CIEF）：
CIEF是将传统聚焦电泳转移到毛细管中进行，通过管壁涂层使电渗流减小到Z小，以防止蛋白质吸附和破坏稳定的聚焦区带。在高压作用下，毛细管内部建立pH梯度，蛋白质在毛细管中向各自的等电点聚焦，形成明显的区带。
五、毛细管等速电泳（CITP）：
CITP是一种较早的分离模式，采用先导电解质和后继电解质，使溶质按其电泳淌度不同得以分离，常用于分离离子型物质。但要采用不连续缓冲液，分辨率差，目前应用不多。
六、毛细管阵列电泳（CAE）：
为了满足大批量样品的分离要求，特别是在人类基因组和蛋白组计划中的应用，CAE渐渐呈现出了广阔的应用发展前景和趋势。与传统聚丙烯酰胺凝胶板电泳可进行多道平行分析相似，CAE是采用多根毛细管组成的阵列进行多道分析。
七、毛细管芯片电泳（Chip）：
当今，分析仪器和分析科学正经历着深刻的变革，其中一个发展趋势就是化学分析仪器的微型化、集成化和便携化，以往一个大实验室的工作量（大量样品、试剂、很多分析和合成时间等），今后将在一块小小的芯片上完成。近年来，毛细管芯片电泳（Chip）的蓬勃发展正是顺应这一趋势。由于CE采用电场驱动，进样能通过电场实现，因此相应的技术和装置比较容易微型化。
Chip是以晶体硅、石英玻璃、有机玻璃、陶瓷和硅橡胶为基体材料，采用毛细管电泳技术，将样品进样、分离和检测等过程集成到一起的多功能化的GX、快速、样品用量少的微型实验室技术。Chip与分析仪器的微型化、集成化和便携化紧密相连，符合现代化学、制药工业的低成本和高产出的需求。
在电子工业中，芯片一般采用晶体硅，但晶体硅对于Chip并不很合适，因此转而采用石英玻璃、有机玻璃和硅橡胶作为基体材料。不同的材料，其制作方法不同。晶体硅和石英玻璃基体多采用微加工蚀刻法，有机玻璃采用注塑法、印模法和激光烧蚀法。Chip相对于传统CE的主要优点是电渗流泵的扩展应用、良好的散热性能和设计多样性。
每一种新兴技术总是在发展的过程中存在着一些问题，有待解决，Chip也是如此。首先，它的芯片材质还在不断的挑选和SY中，每一种材料都有各自的优缺点，需进一步的摸索和完善，尽快找到一些在技术上可行、价格上能接受的材料是当务之急。其次，Chip进样常采用电动进样，但检测器常用LIFD。这样的检测器无法集成到芯片上，使得仅仅是进样和分离集中化，而检测却还是常规尺度，导致芯片虽小，检测器却很大，这显然不符合微型化的要求。因此，也可考虑使用电化学检测器，实现真正的集成化。当然，对于痕量物质的检测十分有效的质谱检测器也是一个方向，同样接口技术还是关键。再次，从单纯、单一的成分分析检测过渡到在线检测、复杂样品前处理和单分子、单细胞分析，也有很多工作要做。另外，市场开发阶段和商品化阶段也是当前所面临的巨大挑战。在产业化的同时，以期带动基础研究，为Chip的进一步发展打下坚实基础。
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