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有多种。
1、按分离目的可分：化验室毛细管色谱仪和工业毛细管色谱仪。
2、按流动相物理状态可分：毛细管气相色谱仪和毛细管液相色谱仪。
3、按功能可分：分析型毛细管色谱仪和制备型毛细管色谱仪。
4、按分离原理可分：毛细管吸附色谱仪和毛细管分配色谱仪。
5、按用途可分：毛细管生物色谱仪、毛细管制药色谱仪、毛细管化工色谱仪、毛细管食品色谱仪、毛细管医用色谱仪、毛细管血清色谱仪、毛细管污水色谱仪、毛细管农药色谱仪和毛细管专用色谱仪等。
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