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化学键合相色谱仪有正相键合相色谱仪和反相键合相色谱仪。
一、正相键合相色谱仪分离原理：
正相键合相色谱仪采用极性键合固定相，是以极性有机基团如胺基（－NH2）、腈基（－CN）和醚基（－O－）等键合在硅胶表面制成的，其分离机理属于分配色谱。
二、反相键合相色谱仪分离原理：
反相键合相色谱仪采用极性较小的键合固定相，是以极性较小的有机基团如苯基和烷基等键合在硅胶表面制成的，其分离机理可用疏溶剂作用理论解释。
疏溶剂作用理论认为：键合在硅胶表面的非极性或弱极性基团具有较强的疏水特性，当用极性溶剂为流动相分离含有极性官能团的有机化合物时，一方面，分子中的非极性部分与疏水基团产生缔合作用，使它保留在固定相中；另一方面，被分离物的极性部分受到极性流动相的作用，促使它离开固定相，并减小其保留作用。键合固定相对每一种溶质分子缔合和解缔能力之差，决定了溶质分子在色谱分离过程中的保留值。由于不同溶质分子这种能力的差异不一样，所以流出色谱柱的速度不一样，从而使得各种不同组分得到了分离。
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