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近年来，由于分子生物学技术的迅速发展及其在FMD诊断中的应用，建立了各种FMD的分子生物学诊断技术，主要包括以下几种方法，核酸杂交、等电点聚焦电泳、寡核苷酸指纹图谱分析、聚丙烯酰胺凝胶电泳、聚合酶链式反应、单克隆抗体技术等。
（1）核酸探针核酸探针即应用FMD的cDNA克隆片段，用32P或生物素等标记后制备探针，根据标记片段的不同，可以检测各群（群特异性探针）或某一型（型特异性探针）FMDV的RNA，如McFarlance等的报道。应用A12亚型的全基因组cDNA以及O1型、C1型和Asial型的VPl基因片段制备核酸探针，前者可以检出O型、A型、C型和Asial型FMDV，而后者则可分别检出各自相对型的FMDV。国内学者吴时友、杨永钦等报道应用cDNA探针成功检出FMDV，随着PCR技术的建立极大地方便了核酸探针的制备和应用。只要正确选用恰当的核酸片段，完全能够制备群特异、型特异的核酸探针检测FMDV的RNA。1998年Rossi和Sadir等用’’P标记克隆在质粒上的FMDV基因组聚合酶序列作为探针，对试验感染牛的食道／咽部刮取物进行了检测，认为此法为进出口动物FMD检疫提供了快速、准确的检测方法。利用固相杂交检测和区分FMDV，利用核酸探针检测FMDV持续感染细胞的病毒RNA也有不少报道。核酸杂交分析方法已经不再应用为FMDV的诊断方法，与PCR方法相比它灵敏度与特异性均较低，但作为阐述持续性感染的（细胞基础）核酸杂交分析方法则依然具有一定的作用。
（2）电聚焦电聚焦是根据等电点的不同来分离像蛋白质这样的两性电解物。FMDV的结构和成分比较简单，完整的病毒粒子（1468）衣壳由lA（VP4）、lB（VP3）、1C（VP2）和1D（VPl）4种结构蛋白组成。在电聚焦技术中，FMDV诱导的肽都能聚焦清晰，通常是单一的区带，而且成熟多肽数量少，能产生单一的电聚焦型，可在单向电聚焦时与其他病毒带对照比较。因此，电聚焦技术在FMDV流行病学研究中具有较大的运用潜力，常被用于FMDV病毒株的遗传变异分析，以及特异型别研究中。在研究FMDV突变的物理图、病毒诱导的前体蛋白与Z终产物的相互关系、病毒的遗传重组、测定蛋白的分子质量、病毒的演化、毒株的鉴定、病毒的分类、肽的指纹图、蛋白的二级修饰等方面，等电点聚焦电泳技术均得到了应用。
（3）核酸序列分析将RT-PCR与核酸序列测定相结合而成的核酸序列分析方法，在FMDV研究中已得到日益广泛的应用。Beck等将欧洲当时FMD暴发中分离的流行毒株与20年前分离并作为疫苗株的9株病毒VPl基因序列进行比较分析（FMDV的VPl蛋白能刺激机体产生中和抗体，起着重要的抗原作用），结果表明大多数毒株同疫苗毒株关系密切，因而推测大多数欧洲暴发的FMD并不是外部传人的，而可能是甲醛灭活不彻底引起的。他通过对核酸序列分析与其他方法的优缺点比较，建议把核酸序列分析作为一种标准的诊断方法。近年来核酸序列分析方法在FMD中主要用于疫源追踪、毒型鉴定和毒株的遗传学系统树分析。
（4）寡核苷酸指纹图谱分析1981年King和Underwood等应用此方法比较了1981年英国流行的FMDVO型Jexsey和Wight岛毒株，同期法国流行的O型Brittany和Normandy毒株与疫苗毒株Lausanne和其他有关的奥地利、印度、泰国毒株间的寡核苷酸指纹图。
（5）聚丙烯酰胺凝胶电泳技术（PAGE）Harris和Brown用聚丙烯酰胺凝胶电泳对FMDV南非I型强毒株和弱毒株进行了生物化学分析。在不同毒株的比较和抗原变异方面也有应用。
（6）单克隆抗体技术（McAb）仔细地选择单克隆抗体可以替代实验中的多克隆血清。在FMDV抗原位点的研究、抗原关系的研究、诊断和检疫方面都有应用。另外，近几年来也开展了抗独特型抗体在FMD的免疫、诊断和ZL方面的研究工作。
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