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当污水中含有对微生物有毒、有害或有YZ作用的物质时，活性污泥的性能将会下降、中毒，直至完全失去作用。常见的有毒、有害物质有化学物质、重金属等。见《污水排入城市下水道水质标准》（CT3082-1999）表中列出了常见的有毒、有害物质对活性污泥产生YZ作用的Zdi浓度，进入活性污泥法处理系统的污水中的有毒有害作用的Zdi浓度含量应低于表中的限值。有毒、有害物质的毒害作用还与处理过程中的水温、溶解氧、PH值等多种因素有关，也与有毒、有害物质共存时，其毒性相加或相减有关，还与微生物经过驯化后抗毒性能有关。实践证明，经过专项、长期培训的特殊菌种，可以处理利用污水中的一定量的有毒、有害物质。有时甚至可以将有毒害物质变成微生物的营养成份。例如苯和酚等。
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