易研科技FFPE样本单细胞+空间转录组解决方案

2023-04-0478

【好消息News!】易研科技FFPE样本单细胞+空间转录组解决方案

FFPE（formalin fixation and paraffin embedding）样本，它承载了众多疾病的关键信息，又可长期室温保存，所以是病理科当之无愧的“瑰宝”。在世界范围内，大约有数十亿份组织样品存储在医院或生物样本库中，其中绝大多数是FFPE样本。

但是，FFPE样本也因为固定过容易使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间的交联，石蜡的高温渗入过程进一步加速核酸的降解，保存的时间及环境对样品中的核酸也有巨大的影响。

因此，从FFPE样本中提取出高质量核酸，并构建出信息完整、无偏好、可用于后续各类组学研究的文库，则是“大大”的难题。

目前，针对FFPE样本，10x Genomics已有单细胞转录组和空间转录组解决方案，了解这些前沿技术，助力您全方位解锁FFPE样本中蕴含的宝贵信息。

图1 FFPE样本可用的前沿技术

一 FFPE样本单细胞转录组测序

1.1 实验原理

针对 FFPE切片，使用二甲苯脱蜡；使用胶原酶、胰蛋白酶等多种酶来消化组织，制备单细胞悬浮液，进而抽核得到细胞核样本；建库时采用靶向基因的探针对杂交目标RNA分子后连接的原理，进而完成文库构建的过程；该方法可以用来分析数千个至数万个细胞核的基因表达，可检测出人类或小鼠全转录组，尤其是低表达量的基因。

1.2 实验所需10x设备-Chromium X

Chromium X相当灵活，适合任何实验室，能够在单次运行中分析数百至数十万个细胞，让更高通量的细胞研究变得常规。

FFPE单细胞转录组油包水制备过程是在Chromium X设备当中进行的，运行时间仅需5.5min，运行温度要求18-28℃，运行湿度要求30-80%相对湿度。

油包水.jpg

图2 油包水生成示意图

仪器图.jpg

图3 油包水制备过程仪器界面图

1.3 技术流程图

FFPE单细胞转录组流程图.jpg

图4 FFPE 样本单细胞转录组实验流程图

1.4 样本要求

由于受蜡块年龄、组织类型、固定前组织质量、组织密度、组织面积以及其它因素的影响，致使相同面积和厚度的组织解离后获取的细胞数量也存在较大差异。

对于人和小鼠的组织切片要求详细如下：

人组织：建议每张切片厚度 25um，每 2 张切片放入 1 个 1.5mL 无核酸酶离心管中，建议多准备 1-2 管备用。

小鼠组织：建议每张切片厚度 50um，每 2 张切片放入 1 个 1.5mL 无核酸酶离心管中，建议多准备1-2 管备用。

FFPE组织质量要求DV200>30%。

以下列出了 10x Genomics 公司已测试的 FFPE 组织切片，以及解离后单细胞悬浮液的细胞产量。参考该测试数据，可以估计特定组织类型/切片的近似细胞产量。

二 Visium CytAssist空间转录组测序

2.1 带您认识Visium CytAssist

全新的Visium CytAssist是一款小巧的台式仪器。能够将转录组分析物从标准的载玻片转移到Visium玻片上，便于您从更多种类的样本中获得空间分析的见解。CytAssist仪器与苏木精-伊红（H&E）染色或免疫荧光（IF）染色的FFPE组织切片兼容，让预先以切片形式保存的组织也能用于Visium工作流程。您可以通过标准的组织学技术筛选组织切片，找到有生物学意义的切片，然后用CytAssist仪器将这些切片与Visium玻片的捕获区域精确对齐，从而扩大限度发挥Visium实验的作用。

CytAssist分析转移系统.jpg