为什么找不到PCR引物?

答:以下几种情况,我们将无法找到做PCR时的引物序列

1、用PCR引物作为测序引物进行测序时,所测序列是从引物3末端后di一个碱基开始的， 所以自然就找不到您的引物序列了。有两种方法可以得到您的引物序列。对于较短的PCR物<（800bp),可以用另一端的引物进行测序,从另一端测序可以一直测到序列的末端,就

6 可以在序列的未端得到的引物的反向互补序列。对于较长的序列，一个测序反应测不到头，因此就只能将您的pCR产物片段克隆到适当的载体中,用载体上的通用引物进行测序。由于载体上的通用引物与您的插入序列之间有一段距离,因此就可以得到您的完整的引物序列。由于在测序的起始端总会有一些碱基无法准确读出,因此,您如果想得到您的pcR产物的完整序列,j建议好克隆后进行测序

2、PCR产物用T载体克隆后,由于克隆的方向是随机的,因此,当您在一亲链上找不到您的引物序列时,试图在互补链上寻找您的引物序列。

3、当测序引物离您的插入片段很近时,有时可能也无法找到您的引物的全序列。这主要是为有时序的起始端由于未去除的染料或引物二聚体的干扰,造成起始区的序列不好,可能无法找到您的引完整序列

4、有时,质粒做模板进行测序时,由于某些原因,质粒上没有插入外援片段,为空载体所测的序完全为载体序列,此时自然也找不到引物序列