可将核酸探针分为基因组DNA探针、cDNA探针、RNA探针和人工合成的寡核苷酸探针等几类。作为诊断试剂,较常使用的是基因组DNA探针和cDNA探针。其中,前者应用Z为广泛,它的制备可通过酶切或聚合酶链反应(PCR)从基因组中获得特异的DNA后将其克隆到质粒或噬菌体载体中,随着质粒的复制或噬菌体的增殖而获得大量高纯度的DNA探针。将RNA进行反转录,所获得的产物即为cDNA。cDNA探针适用于RNA病毒的检测。cDNA探针序列也可克隆到质粒或噬菌体中,以便大量制备。将信息RNA(mRNA)标记也可作为核酸分子杂交的探针。但由于来源极不方便,且RNA极易被环境中大量存在的核酸酶所降解,操作不便,因此应用较少。用人工合成的寡聚核苷酸片段做为核酸杂交探针应用十分广泛,可根据需要随心所欲合成相应的序列,可合成仅有几十个bp的探针序列,对于检测点突变和小段碱基的缺失或插入尤为适用有放射性标记探针和非放射性标记探针两大类。