由于分辨率取决于区带宽度和径向路径的比值,沉降系数相差越大细胞区带间距离越大,同一细胞株沉降系数分布越小细胞区带越窄,分辨越高,越容易分离,在分离沉降系数相差很小的细胞时,应尽可能保持起始细胞悬浮液区带宽度窄小,加样量少,梯度柱要长,即用长离心管进行分离,以弥补沉降系数对分辨率的不利影响。
2. 梯度的密度范围
细胞密度必须大于梯度介质的Z大密度,尽可能使用Z小密度和Z低黏度的梯度进行,以便在Z短的时间内完成分离。
3. 梯度体积
分离细胞的数量和分离装置不同,梯度的体积变化范围很大,即梯度体积受所使用转子和回收方法所制约,一般从5ml和1600ml不等。不像等密度离心,在很少的梯度介质里进行速度分离很难成功。
4. 细胞装样量
由于细胞相互作用或细胞与细胞间的缔合是细胞浓度的函数。有两个问题,一是给梯度上加多少细胞能够获得所需的分辨率;二是细胞悬浮液的浓度多大才不至于引起细胞聚集并且能回收到适合研究用的细胞数量和细胞纯度。由于各种组织来源的细胞差异很大,受污染细胞的数量和梯度介质分辨本领所限,很难制定一种普遍适用的方法,一般根据经验确定或根据文献报道方法进行,前面讨论的理论方法在实际应用中有一定局限性。
5. 离心转速和时间
Z佳分离离心转速的选择受若干因素所影响,包括细胞大小和密度、介质的黏度和密度范围。不管怎样,所施加的离心力要足以使细胞在介质中能够移动,并且在适当时间内迁移到一定的距离范围。若离心转速太低,需要离心时间太长,如在高黏度介质中分离心肌细胞时,离心时间太长会导致心肌细胞缺氧而死亡。若离心转速太高,小细胞也快速通过梯度,甚至在较短时间内到达管底,重新与大细胞混杂在一起。因此,在速度离心中,离心转速和时间是至关重要的,为了减少不稳定细胞受损或某些因子活性丧失,采用较高的转速尽快完成分离。若较大的细胞沉降速度太长,可使用高粘性梯度介质,使其自爱梯度中以合适的速度沉降。