GX液相色谱仪是不是每次开机都要用流动相冲柱子

是的。
因为你开机前，仪器、色谱柱、检测器都是停止工作的。要让它们活动一会儿，叫做“平衡”。等到压力稳定了，基线平稳了就可以开始做实验了。通常情况有30min，基线就能跑平。