分离纯化某种蛋白质，首先要把蛋白质从原来的组织或细胞中以溶解的状态释放出来并保持原来的天然状态，不丢失生物活性.为此，动物材料应先剔除结缔组织和脂肪组织，种子材料应先去壳甚至去种皮以免受单宁等物质的污染，油料种子Z好先用低沸点的有机溶剂如等脱脂.然后根据不同的情况，选择适当的方法，将组织和细胞破碎.动物组织和细胞可用电动捣碎机或匀浆机破碎或用超声波处理破碎.植物组织和细胞由于具有纤维素、半纤维素和果胶等物质组成的细胞壁，一般需要用石英砂或玻璃粉和适当的提取液一起研磨的方法或用纤维素酶处理也能达到目的.细菌细胞的破碎比较麻烦，因为整个细菌细胞壁的骨架实际上是一个借共价键连接而成的肽聚糖囊状大分子，非常坚韧.破碎细菌细胞壁的常用方法有超声波破碎，与砂研磨、高压挤压或溶菌酶处理等.组织和细胞破碎后，选择适当的缓冲液把所要的蛋白提取出来.细胞碎片等不溶物用离心或过滤的方法除去.
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