人工合成基因

不一样，人工合成主要指化学方法（比如DNA合成仪）
直接分离指从自然界已有的物种中分离出来

同意“学无止境”的回答。

真核生物用这两种方法得到的基因结构不一样，因为真核生物的基因结构在编码区有外显子和内含子组成，人工合成基因一般用反转录法或化学合成法，合成的基因结构中都不含内含子序列，而直接分离的基因结构是含有内含子序列。

不一样

人工合成的基因，均不含有内含子。
对于目的基因：
真核基因，不一样，因为真核基因含有内含子。
原核基因，一样的，因为原核基因不含内含子。