现在已经有了物种全基因组测序，该怎么对该物种每个基因进行分析呢？

这个问题要是能够wan美回答就没有那么多国内外生物学家仍在努力奋斗了。事实上，全基因测序得到就如一本“天书”，我们还是像以前那样，比如研究某个基因，任然要做很多实验，各个层次的，分子的蛋白的，研究基因产物的功能结构，和别的蛋白质的关系，受什么影响，细胞定位如何（遗传学和分子生物学）。但是有了基因组测序的方便之处也有很多，比如我们很容易去找到这个基因所在位置，是否有突变，在生信方面可以预测其结构、功能，找同源基因，系统发育树等（生物信息学），对于低级的模式生物，甚至可以建整个基因组、蛋白组、代谢组的网络（系统生物学），用于研究高通量数据等等。总之，想回答这个问题，得深入学习我上面提到的学科，并研究下现在的科研文献，才能较为全面的了解。不过看你想知道的深度了。