为什么DNA克隆和基因组测序可以简化蛋白纯化的过程

对于多个分子生物学和基因组学应用，从克隆和PCR到基因组测序和芯片分析，DNA纯化都是必经之路。然而，选择Z佳的纯化试剂盒却并非易事。例如，在您纯化基因组DNA时，您需要一个试剂盒，能温和地处理核酸，同时又不分离质粒DNA。而且，新一代测序技术对样品的要求颇高，我们也需要一些专门的产品来纯化DNA。在此，我们介绍一些新选择。

盐沉淀方法

Epicentre（Illumina旗下公司）的MasterPure™ Complete DNA Purification Kit采用一种ZL的盐沉淀方法。这一系列试剂盒覆盖各种样品类型，包括血液、固定组织、植物、酵母、昆虫等，在短短30分钟内可带来高产量的核酸，而损失极少。

据Epicentre的ZS产品经理Cristine Kinross介绍，有了这些试剂盒，用户在测序或其他分子生物学应用的样品制备之前无需再进行额外的纯化。它们可去除蛋白及其他细胞碎片，而不引入那些必须去除的毒性化合物，从而避免了多次洗涤，并改善核酸产量。

Kinross谈道：“利用MasterPure回收核酸的出色纯度让样品可直接进入测序文库的制备。”当然，对于其他应用，包括芯片、qPCR和克隆，它也是适合的。此外，这个试剂盒也能用于RNA的纯化。在获得总的核酸后，经过DNase处理，就能得到总RNA。

多种试剂盒

Promega提供广泛的核酸纯化试剂盒，采用几种不同的策略。例如，Wizard® Genomic DNA Purification Kit是基于经典的沉淀法，可从全血、组织培养细胞、动物及植物组织、酵母和细菌中提取基因组DNA，灵活GX；而ReliaPrep™ 系列试剂盒采用柱提法，简单快速。此外，Promega还提供基于磁珠纯化的试剂盒。

Promega公司基因组学的产品经理Eric Vincent表示：“尽管溶液的确切组分会有不同，但裂解、结合、洗涤和洗脱的基本过程适用于不同的结合方法（如硅胶或纤维素），不同的纯化形式（纯化柱或磁珠），以及手动和自动纯化操作。”对于一些非常重要的样品类型（如FFPE样品），还需要一些专门的操作或处理。

“我们开发了独特的结合/洗涤缓冲液，它们能有效去除YZ下游反应的物质，而优化的系统让研究人员能够捕获少量的核酸并以小体积（不到30 μl ）洗脱，我们还开发出自动化的解决方案，适合各种试剂和通量，”Vincent说。

这些试剂盒提供了完整的解决方案，能够以极小的体积洗脱核酸，同时又避免YZ剂残留在洗脱液中。经过这些试剂盒纯化后，核酸可用于PCR、Sanger测序、新一代测序、芯片等下游分析。

经典的硅胶膜

QIAGEN的核酸纯化试剂盒依赖DNA与纯化柱上的硅胶膜结合。YZ剂被洗掉，而完整的DNA随后从柱上洗脱，产量高，纯度高，带来更高质量的新一代测序文库。

Marco Polidori - QIAGEN样本制备的产品经理 - 认为，在处理极少量的样品或困难的样品如FFPE时，高产量就变得格外关键。FFPE样品所产生的DNA可能会出现“随机胞嘧啶脱氨”事件，这会导致人为的单核苷酸多态性（SNP）。不过，QIAGEN的GeneRead DNA FFPE Kit能够去除脱氨的胞嘧啶，避免在NGS实验中产生错误的结果。此产品尚未正式推出，若有兴趣SY，可填写资料。

“我们的大部分试剂盒都已在NGS应用中得以证明，从循环肿瘤DNA的全基因组测序到微生物组，”Polidori谈道。这些试剂盒能让用户从各种样品中获得高质量的DNA，避免FFPE样品出现C-T的假象，并在很短的时间内带来高分子量的DNA。MagAttract HMW DNA kit就能够利用简单的磁珠操作，实现100-200 kb DNA的纯化。整个纯化过程温和去除污染物及YZ剂，并具有极高的产量和纯度。

离液盐

Sigma-Aldrich公司提供GenElute™ Mammalian Genomic DNA Purification Kit，这是基于离液盐试剂的产品。在含有离液盐的溶液中，样品被裂解，以确保大分子的彻底变性。添加乙醇，让DNA与硅胶膜结合。污染物被洗掉，而DNA被洗脱在Tris缓冲液中。

通过专为分离基因组DNA而选择的硅胶膜，此试剂盒让用户能够从各种样品中纯化高质量的DNA，包括培养的细胞、组织（包括鼠尾）、新鲜的全血或白细胞。

据介绍，此试剂盒综合了硅胶膜结合和微量离心形式的好处，避免了昂贵的树脂、乙醇沉淀以及有害的有机物，如苯酚、氯仿。更重要的是，它纯化所得的DNA可应用于限制性内切酶消化、PCR、Southern blot、测序等。

（作者：James Netterwald/生物通编译）