基因测序中一个反应代表一个基因吗?

要看你做的是一代测序还是二代测序。
听你的描述应该是一代。一代测序中一个反应代表着一个片段，这个片段可以是特定基因的某个区域或者全长区域。
但是，你的目的是测定基因的表达量，表达量是无法用一代测序来判断的，除非你做二代。但你这个需求又没有必要做二代。
同学难道你没听说过一种叫做qPCR的东西么？
测几个基因的表达量而已，测什么序啊。。。。