有菌的细胞可以跟无菌的细胞冻存在一个液氮罐中吗

没有问题的。
我在平时做动物实验的时候，都是把所有的细胞、组织冻在一个液氮灌里的。由于液氮的温度过低，所以迅速就会封存细胞。不会造成污染。

当然可以了，各自的保存管不都是密封的么
细胞从超净台拿出来外面不也都是细菌么

应该不可以，因为有害的细菌会感染无菌的其他生物

看你个人爱好了。有洁癖就算了。否则问题不大。不过话又说回来了，应该问问他的细胞带的是什么菌……