请问我们如何确定质粒的存在？

如果你知道质粒上基因的表型，察看表型便可。如抗性，检查菌株抗性就可判断质粒的存在。
如果没有选择性标记，那就用楼上的方法， 取步质粒DNA，用电泳方法检查是否有质粒的标准带型（一般质粒有3条带）。

提取细胞内DNA之后跑电泳就行啦