1.wash buffer中加入无水乙醇后,终浓度差不多就是70%的乙醇溶液了,在沉淀的DNA中,由于过多的盐杂质存在,影响DNA的酶切等反应,wash buffer就是洗去这些盐杂质的. 2.用无水乙醇沉淀DNA,这是实验中Z常用的沉淀DNA的方法.乙醇的优点是可以任意比和水相混溶,乙醇与核酸不会起任何化学反应,对DNA很安全,因此是理想的沉淀剂.DNA溶液是DNA以水合状态稳定存在,当加入乙醇时,乙醇会夺去DNA周围的水分子,使DNA失水而易于聚合.一般实验中,是加2倍体积的无水乙醇与DNA相混合,其乙醇的Z终含量占67%左右.因而也可改用95%乙醇来替代无水乙醇(因为无水乙醇的价格远远比95%乙醇昂贵).但是加95%的乙醇使总体积增大,而DNA在溶液中有一定程度的溶解,因而DNA损失也增大,尤其用多次乙醇沉淀时,就会影响收得率.折中的做法是初次沉淀DNA时可用95%乙醇代替无水乙酵,Z后的沉淀步骤要使用无水乙醇.也可以用0.6倍体积的异丙醇选择性沉淀DNA.一般在室温下放置15-30分钟即可.如果你没有加无水乙醇,核酸不能沉淀,都随洗液弃掉了. 3.十二烷基硫酸钠(sodium dodecylsulfate)遇到钾离子后变成了十二烷基硫酸钾(potassium dodecylsulfate, PDS),钾离子置换了SDS中的钠离子形成了不溶性的PDS,而高浓度 的盐,使得沉淀更完全.大家知道SDS专门喜欢和蛋白质结合,平均两个氨基酸上结合一个SDS分子,钾钠离子置换所产生的大量沉淀自然就将绝大部分蛋白质 沉淀了,让人高兴的是大肠杆菌的基因组DNA也一起被共沉淀了.这个过程不难想象,因为基因组DNA太长了,长长的DNA自然容易被PDS给共沉淀了,尽管SDS并不与DNA分子结合. 需要特别说明的是:醋酸的加入是为了中和NaOH,因为长时间的碱性条件会打断DNA,所以要中和之.基因组DNA一旦发生断裂,只要是50-100 kb大小的片断,就没有办法再被PDS共沉淀了.所以碱处理的时间要短,而且不得激烈振荡,不然Z后得到的质粒上总会有大量的基因组DNA混入.