化学危害的主要来源有:(1) 天然毒素:包括河豚毒素、组胺、雪卡毒素、氰苷、棉酚等;(2) 农药残留:包括有机氯杀虫剂、有机磷杀虫剂、氨基甲酸酯类杀虫剂、拟除缉郸光肝叱菲癸十含姜虫菊酯类农药、多菌灵杀菌剂和有机汞、有机砷杀菌剂等农药的残留;(3) 兽药残留:包括抗生素类、磺胺类、呋喃类等药物的残留;(4) 金属: 包括镉、铅、汞、砷、锌等的超标;(5 ) 滥用食品添加剂: 包括各种食品添加剂的超量、超范围使用等;(6) 食品包装材料、容器与设备:包括塑料、橡胶、涂料、陶瓷、搪瓷极其它材料等带来的危害;(7)食品中的放射性污染:包括各种放射性同位素污染食品原料等造成的危害;(8)其它:包括N-亚硝基化合物、多环芳族化合物、多氯联苯等。物理学危害,主要包括各种外来物质对食品的污染、掺杂从而造成的危害,一般只要严格控制,即可达到要求。