八、核酶:
具有自身催化作用的RNA称为核酶(ribozyme),核酶通常具有特殊的分子结构,如锤头结构。
九、核酸的一般理化性质:
核酸具有酸性;粘度大;能吸收紫外光,Z大吸收峰为260nm。
十、DNA的变性:
在理化因素作用下,DNA双螺旋的两条互补链松散而分开成为单链,从而导致DNA的理化性质及生物学性质发生改变,这种现象称为DNA的变性。
引起DNA变性的因素主要有:①高温,②强酸强碱,③有机溶剂等。DNA变性后的性质改变:①增色效应:指DNA变性后对260nm紫外光的光吸收度增加的现象;②旋光性下降;③粘度降低;④生物功能丧失或改变。
加热DNA溶液,使其对260nm紫外光的吸收度突然增加,达到其Z大值一半时的温度,就是DNA的变性温度(融解温度,Tm)。Tm的高低与DNA分子中G+C的含量有关,G+C的含量越高,则Tm越高。
十一、DNA的复性与分子杂交:
将变性DNA经退火处理,使其重新形成双螺旋结构的过程,称为DNA的复性。
两条来源不同的单链核酸(DNA或RNA),只要它们有大致相同的互补碱基顺序,以退火处理即可复性,形成新的杂种双螺旋,这一现象称为核酸的分子杂交。核酸杂交可以是DNA-DNA,也可以是DNA-RNA杂交。不同来源的,具有大致相同互补碱基顺序的核酸片段称为同源顺序。
常用的核酸分子杂交技术有:原位杂交、斑点杂交、Southern杂交及Northern杂交等。
在核酸杂交分析过程中,常将已知顺序的核酸片段用放射性同位素或生物素进行标记,这种带有一定标记的已知顺序的核酸片段称为探针。
十二、核酸酶:
凡是能水解核酸的酶都称为核酸酶。凡能从多核苷酸链的末端开始水解核酸的酶称为核酸外切酶,凡能从多核苷酸链中间开始水解核酸的酶称为核酸内切酶。能识别特定的核苷酸顺序,并从特定位点水解核酸的内切酶称为限制性核酸内切酶(限制酶
第四章 酶
一、酶的概念:
酶(enzyme)是由活细胞产生的生物催化剂,这种催化剂具有极高的催化效率和高度的底物特异性,其化学本质是蛋白质。酶按照其分子结构可分为单体酶、寡聚酶和多酶体系(多酶复合体和多功能酶)三大类。
二、酶的分子组成:
酶分子可根据其化学组成的不同,可分为单纯酶和结合酶(全酶)两类。结合酶则是由酶蛋白和辅助因子两部分构成,酶蛋白部分主要与酶的底物特异性有关,辅助因子则与酶的催化活性有关。
与酶蛋白疏松结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅酶。与酶蛋白牢固结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅基。
三、辅酶与辅基的来源及其生理功用:
辅酶与辅基的生理功用主要是:⑴ 运载氢原子或电子,参与氧化还原反应。⑵ 运载反应基团,如酰基、氨基、烷基、羧基及一碳单位等,参与基团转移。大部分的辅酶与辅基衍生于维生素。
维生素(vitamin)是指一类维持细胞正常功能所必需的,但在许多生物体内不能自身合成而必须由食物供给的小分子有机化合物。
维生素可按其溶解性的不同分为脂溶性维生素和水溶性维生素两大类。脂溶性维生素有VitA、VitD、VitE和VitK四种;水溶性维生素有VitB1,VitB2,VitPP,VitB6,VitB12,VitC,泛酸,生物素,叶酸等。
1.TPP:即焦磷酸硫胺素,由硫胺素(Vit B1)焦磷酸化而生成,是脱羧酶的辅酶,在体内参与糖代谢过程中α-酮酸的氧化脱羧反应。
2.FMN和FAD:即黄素单核苷酸(FMN)和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD),是核黄素(VitB2)的衍生物。FMN或FAD通常作为脱氢酶的辅基,在酶促反应中作为递氢体(双递氢体)。
3.NAD+和NADP+:即尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+,辅酶Ⅰ)和尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+,辅酶Ⅱ),是Vit PP的衍生物。NAD+和NADP+主要作为脱氢酶的辅酶,在酶促反应中起递氢体的作用,为单递氢体。
4.磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺:是Vit B6的衍生物。磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺可作为氨基转移酶,氨基酸脱羧酶,半胱氨酸脱硫酶等的辅酶。
5.CoA:泛酸(遍多酸)在体内参与构成辅酶A(CoA)。CoA中的巯基可与羧基以高能硫酯键结合,在糖、脂、蛋白质代谢中起传递酰基的作用,是酰化酶的辅酶。
6.生物素:是羧化酶的辅基,在体内参与CO2的固定和羧化反应。
7. FH4:由叶酸衍生而来。四氢叶酸是体内一碳单位基团转移酶系统中的辅酶。
8. Vit B12衍生物:Vit B12分子中含金属元素钴,故又称为钴胺素。Vit B12在体内有多种活性形式,如5'-脱氧腺苷钴胺素、甲基钴胺素等。其中,5'-脱氧腺苷钴胺素参与构成变位酶的辅酶,甲基钴胺素则是甲基转移酶的辅酶。
四、金属离子的作用:
1. 稳定构象:稳定酶蛋白催化活性所必需的分子构象;
2. 构成酶的活性ZX:作为酶的活性ZX的组成成分,参与构成酶的活性ZX;
3. 连接作用:作为桥梁,将底物分子与酶蛋白螯合起来。
五、酶的活性ZX:
酶分子上具有一定空间构象的部位,该部位化学基团集中,直接参与将底物变为产物的反应过程,这一部位就称为酶的活性ZX。
参与构成酶的活性ZX的化学基团,有些是与底物相结合的,称为结合基团,有些是催化底物反应转变成产物的,称为催化基团,这两类基团统称为活性ZX内必需基团。在酶的活性ZX以外,也存在一些化学基团,主要与维系酶的空间构象有关,称为酶活性ZX外必需基团。
六、酶促反应的特点:
1.具有极高的催化效率:酶的催化效率可比一般催化剂高106~1020倍。酶能与底物形成ES中间复合物,从而改变化学反应的进程,使反应所需活化能阈大大降低,活化分子的数目大大增加,从而加速反应进行。
2.具有高度的底物特异性:一种酶只作用于一种或一类化合物,以促进一定的化学变化,生成一定的产物,这种现象称为酶作用的特异性。
⑴特异性:一种酶只能作用于一种化合物,以催化一种化学反应,称为特异性,如琥珀酸脱氢酶。
⑵相对特异性:一种酶只能作用于一类化合物或一种化学键,催化一类化学反应,称为相对特异性,如脂肪酶。
⑶立体异构特异性:一种酶只能作用于一种立体异构体,或只能生成一种立体异构体,称为立体异构特异性,如L-精氨酸酶。
3.酶的催化活性是可以调节的:如代谢物可调节酶的催化活性,对酶分子的共价修饰可改变酶的催化活性,也可通过改变酶蛋白的合成来改变其催化活性。
七、酶促反应的机制:
1.中间复合物学说与诱导契合学说:酶催化时,酶活性ZX首先与底物结合生成一种酶-底物复合物(ES),此复合物再分解释放出酶,并生成产物,即为中间复合物学说。当底物与酶接近时,底物分子可以诱导酶活性ZX的构象以生改变,使之成为能与底物分子密切结合的构象,这就是诱导契合学说。
2.与酶的GX率催化有关的因素:①趋近效应与定向作用;②张力作用;③酸碱催化作用;④共价催化作用;⑤酶活性ZX的低介电区(表面效应)。
八、酶促反应动力学:
酶反应动力学主要研究酶催化的反应速度以及影响反应速度的各种因素。在探讨各种因素对酶促反应速度的影响时,通常测定其初始速度来代表酶促反应速度,即底物转化量<5%时的反应速度。
1.底物浓度对反应速度的影响:
⑴底物对酶促反应的饱和现象:由实验观察到,在酶浓度不变时,不同的底物浓度与反应速度的关系为一矩形双曲线,即当底物浓度较低时,反应速度的增加与底物浓度的增加成正比(一级反应);此后,随底物浓度的增加,反应速度的增加量逐渐减少(混合级反应);Z后,当底物浓度增加到一定量时,反应速度达到一Z大值,不再随底物浓度的增加而增加(零级反应)。
⑵米氏方程及米氏常数:根据上述实验结果,Michaelis & Menten 于1913年推导出了上述矩形双曲线的数学表达式,即米氏方程: ν= Vmax[S]/(Km+[S])。其中,Vmax为Z大反应速度,Km为米氏常数。
⑶Km和Vmax的意义:
①当ν=Vmax/2时,Km=[S]。因此,Km等于酶促反应速度达Z大值一半时的底物浓度。
②当k-1>>k+2时,Km=k-1/k+1=Ks。因此,Km可以反映酶与底物亲和力的大小,即Km值越小,则酶与底物的亲和力越大;反之,则越小。
③Km可用于判断反应级数:当[S]<0.01Km时,ν=(Vmax/Km)[S],反应为一级反应,即反应速度与底物浓度成正比;当[S]>100Km时,ν=Vmax,反应为零级反应,即反应速度与底物浓度无关;当0.01Km<[S]<100Km时,反应处于零级反应和一级反应之间,为混合级反应。
④Km是酶的特征性常数:在一定条件下,某种酶的Km值是恒定的,因而可以通过测定不同酶(特别是一组同工酶)的Km值,来判断是否为不同的酶。
⑤Km可用来判断酶的Z适底物:当酶有几种不同的底物存在时,Km值Z小者,为该酶的Z适底物。
⑥Km可用来确定酶活性测定时所需的底物浓度:当[S]=10Km时,ν=91%Vmax,为Z合适的测定酶活性所需的底物浓度。
⑦Vmax可用于酶的转换数的计算:当酶的总浓度和Z大速度已知时,可计算出酶的转换数,即单位时间内每个酶分子催化底物转变为产物的分子数。
⑷Km和Vmax的测定:主要采用Lineweaver-Burk双倒数作图法和Hanes作图法。
2.酶浓度对反应速度的影响:当反应系统中底物的浓度足够大时,酶促反应速度与酶浓度成正比,即ν=k[E]。
3.温度对反应速度的影响:一般来说,酶促反应速度随温度的而加快,但当温度增加达到某一点后,由于酶蛋白的热变性作用,反应速度迅速下降。酶促反应速度随温度升高而达到一Z大值时的温度就称为酶的Z适温度。酶的Z适温度与实验条件有关,因而它不是酶的特征性常数。低温时由于活化分子数目减少,反应速度降低,但温度升高后,酶活性又可恢复。
4.pH对反应速度的影响:观察pH对酶促反应速度的影响,通常为一钟形曲线,即pH过高或过低均可导致酶催化活性的下降。酶催化活性Z高时溶液的pH值就称为酶的Z适pH。人体内大多数酶的Z适pH在6.5~8.0之间。酶的Z适pH不是酶的特征性常数。
5.YZ剂对反应速度的影响:
凡是能降低酶促反应速度,但不引起酶分子变性失活的物质统称为酶的YZ剂。按照YZ剂的YZ作用,可将其分为不可逆YZ作用和可逆YZ作用两大类。
⑴不可逆YZ作用:
YZ剂与酶分子的必需基团共价结合引起酶活性的YZ,且不能采用透析等简单方法使酶活性恢复的YZ作用就是不可逆YZ作用。如果以ν~[E]作图,就可得到一组斜率相同的平行线,随YZ剂浓度的增加而平行向右移动。酶的不可逆YZ作用包括专一性YZ(如有机磷农药对胆碱酯酶的YZ)和非专一性YZ(如路易斯气对巯基酶的YZ)两种。
⑵可逆YZ作用:
YZ剂以非共价键与酶分子可逆性结合造成酶活性的YZ,且可采用透析等简单方法去除YZ剂而使酶活性完全恢复的YZ作用就是可逆YZ作用。如果以ν~[E]作图,可得到一组随YZ剂浓度增加而斜率降低的直线。可逆YZ作用包括竞争性、反竞争性和非竞争性YZ几种类型。
① 竞争性YZ:YZ剂与底物竞争与酶的同一活性ZX结合,从而干扰了酶与底物的结合,使酶的催化活性降低,这种作用就称为竞争性YZ作用。其特点为:a.竞争性YZ剂往往是酶的底物类似物或反应产物;b.YZ剂与酶的结合部位与底物与酶的结合部位相同;c.YZ剂浓度越大,则YZ作用越大;但增加底物浓度可使YZ程度减小;d.动力学参数:Km值增大,Vm值不变。典型的例子是丙二酸对琥珀酸脱氢酶(底物为琥珀酸)的竞争性YZ和磺胺类药物(对氨基苯磺酰胺)对二氢叶酸合成酶(底物为对氨基苯甲酸)的竞争性YZ。
② 反竞争性YZ:YZ剂不能与游离酶结合,但可与ES复合物结合并阻止产物生成,使酶的催化活性降低,称酶的反竞争性YZ。其特点为:a.YZ剂与底物可同时与酶的不同部位结合;b.必须有底物存在,YZ剂才能对酶产生YZ作用;c.动力学参数:Km减小,Vm降低。
③ 非竞争性YZ:YZ剂既可以与游离酶结合,也可以与ES复合物结合,使酶的催化活性降低,称为非竞争性YZ。其特点为:a.底物和YZ剂分别独立地与酶的不同部位相结合;b.YZ剂对酶与底物的结合无影响,故底物浓度的改变对YZ程度无影响;c.动力学参数:Km值不变,Vm值降低。
6.激活剂对反应速度的影响:能够促使酶促反应速度加快的物质称为酶的激活剂。酶的激活剂大多数是金属离子,如K+、Mg2+、Mn2+等,唾液淀粉酶的激活剂为Cl-。
九、酶的调节:
可以通过改变其催化活性而使整个代谢反应的速度或方向发生改变的酶就称为限速酶或关键酶。
酶活性的调节可以通过改变其结构而使其催化活性以生改变,也可以通过改变其含量来改变其催化活性,还可以通过以不同形式的酶在不同组织中的分布差异来调节代谢活动。
1.酶结构的调节:通过对现有酶分子结构的影响来改变酶的催化活性。这是一种快速调节方式。
⑴变构调节:又称别构调节。某些代谢物能与变构酶分子上的变构部位特异性结合,使酶的分子构发生改变,从而改变酶的催化活性以及代谢反应的速度,这种调节作用就称为变构调节。具有变构调节作用的酶就称为变构酶。凡能使酶分子变构并使酶的催化活性发生改变的代谢物就称为变构剂。当变构酶的一个亚基与其配体(底物或变构剂)结合后,能够通过改变相邻亚基的构象而使其对配体的亲和力发生改变,这种效应就称为变构酶的协同效应。变构剂一般以反馈方式对代谢途径的起始关键酶进行调节,常见的为负反馈调节。变构调节的特点:① 酶活性的改变通过酶分子构象的改变而实现;②酶的变构仅涉及非共价键的变化;③调节酶活性的因素为代谢物;④为一非耗能过程;⑤无放大效应。
⑵共价修饰调节:酶蛋白分子中的某些基团可以在其他酶的催化下发生共价修饰,从而导致酶活性的改变,称为共价修饰调节。共价修饰方式有:磷酸化-脱磷酸化等。共价修饰调节一般与激素的调节相联系,其调节方式为级联反应。共价修饰调节的特点为:①酶以两种不同修饰和不同活性的形式存在;②有共价键的变化;③受其他调节因素(如激素)的影响;④一般为耗能过程;⑤存在放大效应。
⑶酶原的激活:处于无活性状态的酶的前身物质就称为酶原。酶原在一定条件下转化为有活性的酶的过程称为酶原的激活。酶原的激活过程通常伴有酶蛋白一级结构的改变。酶原分子一级结构的改变导致了酶原分子空间结构的改变,使催化活性ZX得以形成,故使其从无活性的酶原形式转变为有活性的酶。酶原激活的生理意义在于:保护自身组织细胞不被酶水解消化。
2.酶含量的调节:是指通过改变细胞中酶蛋白合成或降解的速度来调节酶分子的含量,影响其催化活性,从而调节代谢反应的速度。这是机体内迟缓调节的重要方式。
⑴酶蛋白合成的调节:酶蛋白的合成速度通常通过一些诱导剂或阻遏剂来进行调节。凡能促使基因转录增强,从而使酶蛋白合成增加的物质就称为诱导剂;反之,则称为阻遏剂。常见的诱导剂或阻遏剂包括代谢物、药物和激素等。
⑵酶蛋白降解的调节:如饥饿时,精氨酸酶降解减慢,故酶活性,有利于氨基酸的分解供能。
3.同工酶的调节:在同一种属中,催化活性相同而酶蛋白的分子结构,理化性质及免疫学性质不同的一组酶称为同工酶。同工酶在体内的生理意义主要在于适应不同组织或不同细胞器在代谢上的不同需要。因此,同工酶在体内的生理功能是不同的。
乳酸脱氢酶同工酶(LDHs)为四聚体,在体内共有五种分子形式,即LDH1(H4),LDH2(H3M1),LDH3(H2M2),LDH4(H1M3)和LDH5(M4)。心肌中以LDH1含量Z多,LDH1对乳酸的亲和力较高,因此它的主要作用是催化乳酸转变为丙酮酸再进一步氧化分解,以供应心肌的能量。在骨骼肌中含量Z多的是LDH5,LDH5对丙酮酸的亲和力较高,因此它的主要作用是催化丙酮酸转变为乳酸,以促进糖酵解的进行