如何预测多肽的二级结构

预测结构主要是根据序列的特点。
对于现有的科技来说，还是无法准确预测多肽的二级结构，毕竟肽链是经过加工后形成的，不是完全依照分子间相互作用和力的大小形成稳定的构象。所以，对肽链二级结构的预测多数是依靠通过多肽、氨基酸序列的和已知蛋白的同源性来判断的，功能相似、同源性高则结构就比较相似。
另外，通过氨基酸自身的特点，包括形成螺旋或者折叠的能力，还有通过红外、拉曼光谱则能有效检测特征二级结构的存在。然后确定多肽的结构特点。

二级结构通常为α螺旋、β折叠、β转角等构成。
可以根据氨基酸排列顺序大致预测多肽的二级结构。如丙氨酸、谷氨酸、亮氨酸、甲硫氨酸残基倾向于形成α螺旋，脯氨酸、甘氨酸、丝氨酸、酪氨酸则不利于形成α螺旋。一般来说，具有脯氨酸残基的位置均难形成α螺旋、β折叠、β转角等结构，只形成自由卷曲，氨基酸残基的R基侧链过大，或侧链基团带同种电荷均难以形成稳定的α螺旋、β折叠、β转角。