珊瑚根据石珊瑚生长的生态环境和特点(表2),又可分为造礁石珊瑚;非造礁石珊瑚(或深水石珊瑚)2类。
石珊瑚中的深水石珊瑚,顾名思义它们栖息在深海。已知栖息Z深的记录是在阿留申海沟6296~6328m处发现阿留申对称菌杯珊瑚(Fungiacyathus symmetricus aleuticus)。深水石珊瑚一般以单体为主,少数群体,且个体小,色泽单调。用拖网、采泥器在海洋不同深度的海底都可以采到。
石珊瑚中的浅水石珊瑚分布在浅水区,一般从水表层到水深40m处,个别种类分布可深达60m。绝大多数是群体。在热带海区生长繁盛。它们在水中生活时色彩鲜艳,五光十色,把热带海滨点缀得分外耀眼,故浅水石珊瑚区有海底花园的美称。
在热带或亚热带区的印度-太平洋水域和大西洋-加勒比海区都有浅水石珊瑚生长。但是由于地理障碍(巴拿马地峡在600万年前已形成)这两个海区的浅水石珊瑚在演化过程中形成了两个截然不同的区系。
事实也证明两个海区的石珊瑚无论是数量上还是种类上都有显著的差别。已知印度-太平洋区系石珊瑚有86个属1000余种(亦有人说是500种、800种),而大西洋-加勒比海区系有26个属68种(或25属50余种)。
浅水石珊瑚正常生长的海水盐度为27~42‰,而且要求水质清洁,又需坚硬底质。在河口,由于大陆径流奔泻入海,携带大量陆源性沉积物质,因而不宜浅水石珊瑚生长。所以,要在河口寻找浅水石珊瑚是徒劳的。