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由于转子的加工误差和离心机安装误差造成转子质心在不同程度上偏离离心机主轴，因此，在转子旋转时会产生振动，这些振动在某些特定转速下会与离心机驱动系统的固有频率发生共振，从而引起整个系统强烈振动。出现这种现象时的转速称为临界转速。
临界转速与离心机和与之配用的转子有关。一台离心机可配用数种转子，因此设计离心机时应考虑离心机的减振设计对各种转子的包容性。离心机的工作范围很宽，从几千转/分钟至几万转/分钟，离心机振动发生的转速越高，其危险性就越大。
人类加工任何东西肯定会有误差，加工精度越高，误差就越小，但加工成本则大大提高。离心机设计时用多种知识的综合利用来达到允许一定的加工误差，使离心机的振动控制在正常范围之内。但是若用户使用不当，就会破坏这种设计平衡，导致严重事故。
一旦在高转速下发生振动，应立即以Z快的降速档使离心机停转，所有人员应快速离开现场，以免发生断轴等事故时的人员伤害。绝不能断电，一断电，刹车（快速降速）就没有了，转子停转很慢。事故一般是由于离心机操作不当引起的，如转子在主轴上没放好、转子的盖子没盖好、甩开转子的吊篮没放好等。这种事故的结构是伴随着巨大声音，300~400kg的离心机突然旋转越270度。打开盖子科看到转子躺在腔内，取出转子科观察到转子的外缘面严重刮伤变色，离心腔内壁也会受损，甚至制冷剂泄露。有时转子和转子盖分离，试管中的液体洒在腔内，主轴断开或严重弯曲。由于用户的操作不当引起的这种事故屡屡发生，现代的离心机一般都有不平衡保护功能。即离心机启动时一旦转子的振动大于一定大小，离心机就自动降速停机，具有这种性能的离心机有时也漏报，不能确保不出事故。
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