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一、仪器稳定性差别
国产气相色谱仪的技术水平已经相当高了，有些产品可以与国外同类产品相媲美，某些性能还处于领xian水平，仅仅是在计算机反控上还少一些。部分国内厂家自产的仪器稳定性不大好，原因在于温度控制系统,流量控制系统精度不强。进口仪器一般正常使用一年没有问题。而如果国产仪器仿进口稳定性好的品牌，稳定性也相当不错。
进口气相色谱仪也不是什么都好，各家的色谱都存在不同程度的问题，惠普和岛津色谱在进口色谱中占的比例很大，但他们的仪器也都存在问题，惠普的FID检测器在结构上不太理想，常出现积水、难点火、检测器基流过大现象。岛津色谱在气路设计上死体积过大。
二、仪器价格、配件价格比较
进口气相色谱仪一般价格在10万以上，配置好的可能有几十万、上百万。国产一般配置气相色谱仪主机一般在四万至六万、氦离子检测器的大概三十万。仪器维修时配件的价格也是要考虑的因素，进口的配件相对价格要高很多。
进口仪器价格贵，当然质量有保证，很多功能升级，但如果你是企业，分析条件固定，买自动化程度太高的仪器必要性不大，这样一来许多性能用不到，等于白花钱。固很多高等院校、研发室及企业都用国产气相色谱仪。
三、售后、培训比较
一般仪器质保一年，一年后出了问题，色谱操作人员们便头疼，急忙打售后电话。进口仪器的价格是国产的几倍甚至十几倍，而保修期后的维修费非常高。许多进口仪器一过保修期就来毛病了，因为许多用于自动化控制的精密的零部件到那时就得换了，而且很不方便。国产厂家维修起来性价比相对要好，而且上门维修相对方便。
另外，一般厂商都会组织经销商、用户学习仪器相关知识，对色谱仪的操作进行培训。只是如果厂商就在你单位当地，这样对你去参加培训、学习以及购买前去厂家实地考察会更方便。
综上可以看出，国产、进口仪器没有谁占有的优势。那么要选择国产仪器的话，国产众多厂家又如何选择呢？
我国进口主打品牌是惠普(安捷伦)、岛津，而国产气相色谱仪基本是仿日本岛津，特点是经济实惠却因电路问题容易死机。而安捷伦同等配置仪器差不多要比岛津贵一倍(安捷伦原是从惠普公司分出来的公司)，电路系统完善，死机问题很少存在。
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