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实验室自动洗瓶机是功能强大的设备，但也不是什么玻璃器皿都能洗。
由于实验室自动洗瓶机一次可以将大批量相同/相近规格的玻璃器皿清洗干净，例如大型实验室自动洗瓶机可以一次清洗300个或更多的培养皿，1000只以上的试管，或者几十个容量瓶。考虑到实验室的玻璃器皿有不同的结构、尺寸和容量，如果能够将玻璃器皿进行适当的分类，选配合适的装置支架，这样才能够Zda程度的发挥自动清洗机的强大的清洗能力。
有些形状复杂或者细小的器皿或零部件，使用其它的清洗方式，例如超声波，可能效率更高、效果更好。
如果残留物中含有遇热会凝固的蛋白质，使用自动清洗机时需要特别的小心，需要在室温下先将蛋白质清洗干净，然后再加热清洗。但仍然存在蛋白质凝固后粘附在设备内表面或器件表面的可能性，清理起来非常麻烦。类似的情况还有非常粘附的聚合物等。在这种情况下，适当的预处理可能是必须的。
另外，受制于清洗设备和水基清洗剂适用范围的限制，某些水基清洗剂无法湿润渗透或溶解的难溶性残留物，例如某些试验需要用到强氧化性酸高温消解样品时残留的复杂的难溶物，无法通过自动清洗机清洗干净。
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