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温度是气相色谱分析的重要操作参数之一。它直接影响着色谱柱的选择性、分离度以及检测器的基线稳定性。由于汽化室、色谱柱和检测器各自有不同的作用，因此，在色谱分析中亦有三种不同的温度变数的操作以及相应的三种各自的温度控制器。除此之外，还有其他附加设备如热电偶的冷端补偿、超温保护等。
温度控制的基本原理就是使恒温箱散失的热量能及时地由适量的热源来补充。当供给和失去的热量平衡时，温度就维持在一个恒温点上。根据这一要求，可以通过不同的方法来实现。在气相色谱仪上主要是采用电加热控制法。温控对象是装有色谱柱的炉膛，色谱炉的四壁
使用优质保温材料来隔热。常用的保温材料有：玻璃棉或陶瓷纤维棉，石膏玻璃棉复合材料保温块等。为了保证炉膛内温度均匀，普遍采用电风扇，强制空气对流，以消除炉膛内的温度梯度。
柱温是色谱柱分离时重要因素之一，柱温通常根据样品和固定液所允许的温度范围来选择。在固定相允许的条件下，所用柱温是选择在被分析物质的平均沸点左右或低一些为佳。降低柱温时对分离有利，但柱温一定要适中，既不因温度过高降低了它的分离度，也不能因温度过低而延长了分析时间。若被分析物质的沸点范围太宽，可以采用程序升温的方法，使不同沸点的组分都能在各自所需的柱温下分离。这就要求色谱炉及其温控线路能为色谱柱提供一个均匀恒定或者可以程序改变的温度环境。
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