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便携式气相色谱仪使用时放置在坚固平稳的工作台上，避免震动，周围不应有强烈的电磁干扰，室内温度无剧烈变化，无腐蚀性气体，空气无大的对流存在。
便携式气相色谱仪的气路系统要定期进行密封性检查；气路布置要合理，气瓶间不要与仪器相隔得太远，若气路太长或弯曲会增加气体的阻力易发生泄漏现象；仪器使用的样品量是很少的一般不会产生空气污染，特别是使用质量型的检测器时，样品经火焰燃烧后排放。所以一般不需要采用专门的通风设备。但使用浓度型检测器分析有害物质时，仪器只对样品进行分离而未破坏样品的组份。此时需要使用管路将仪器放空气体从仪器的放空口排至室外。
有关便携式气相色谱仪的氢火焰检测器使用方法，可从三点来看：
1.通氢气后，待管道中残余气体排出后，应及时点火，并保证火焰是点着的；
2.FID时，离子室外罩须罩住，以保证良好的屏蔽和防止空气侵入。如果离子室积木，可将端盖取下，待离子室温度较高时再盖上。工作状态下，取下检测器罩盖，不能触及极化极，以防触电；
3.离子室温度应大于100℃，待层析室温度稳定后，再点火，否则离子室易积水，影响电极绝缘而使基线不稳。
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