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在一定的色谱操作条件下（例如：当流速、温度一定时），是固定相的结构决定了化合物的相对保留（出峰顺序），色谱分离的过程和化合物流出色谱柱的时间。如果任意两个化合物流出色谱柱所需的时间相同，则它们无法得到分离。如果它们能够得到分离，固定相对他们的保留程度不同，流出色谱柱的时间也不同。
固定相的极性
我们通常依据极性来挑选色谱柱。极性是固定相的一个整体性质，它是由固定相的结构决定的。固定相的极性并不会直接影响分离的获取，但会对色谱柱特性产生各种影响。一些重要的色谱柱特性有：柱寿命、温度限制、流失水平和样品容量。直接影响分离的是固定相的选择性，它与固定相极性的概念常混用，这样并不准确但较为普遍。
固定相的选择性
与极性相同，固定相的选择性也是由其结构决定的，但目前对其的理解还尚不完全，也不容易解释与描述。简单来说，选择性就是固定相分辨两种化合物的物理或化学性质细小差别的能力。从固定相的角度来看，只要两种化合物的性质之间具有可辨别的细微差别，那么固定相和它们之间的相互作用便不同。如果作用力的区别较为明显，则其中一个化合物的保留程度势必更强，则分离发生。但如果，某一特定的固定相无法辨别化合物之间性质上的差异，即便它们的结构不同，则仍无法得到分离。
固定相与待测物的一些性质如：极性、溶解性、偶极大小和氢键结合能力等共同影响了选择性。在很多情况下，都不是单一的因素在起作用，所以通常都存在多重选择性影响。而且，很多的化合物性质如氢键或偶极强度比较难以测定。这也就使得准确预测和解释化合物在色谱柱上的保留或分离是十分困难的。
不过，一些一般性的规律还是可以遵循的。所有的固定相都有与极化率相关的相互作用，极性较强的物质一般保留也会增加。对于甲基和苯基取代的聚硅氧烷类固定相，这是它们唯yi重要的相互作用。物质在固定相中的溶解性也会影响保留，溶解性越强则保留越强。聚乙二醇类和氰丙基取代的聚硅氧烷类固定相具有很强的偶极和氢键特性。三氟丙基取代的聚硅氧烷类固定相则具有中等的偶极特性。
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