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根据分离原理的不同，可分为：
（一）液－液色谱法（或称液－液分配色谱法）
流动相和固定相都是液体。试样溶于流动相后，在色谱柱内经过分界面进入固定液（固定相）中，由于试样组分在固定相和流动相之间的相对溶解度存在差异，因而溶质在两相间进行分配。跟气一液分配色谱有相似之处：分离顺序决定于分配系数的大小，分配系数大的组分保留值大。分配系数为溶质在固定相和流动相中的浓度之比。但是气相色谱法中流动相的性质对分配系数影响大小，而液相色谱中流动相的种类对分配系数却有较大的影响。
（二）液一固色谱法（或称吸附色谱法）
流动相为液体，固定相为吸附剂。这是根据物质吸附作用的不同来进行分离的。溶质分子被固定相吸附，将取代固定相表面上的溶剂分子。如果溶剂分子吸附性更强，则被吸附的溶质分子将相应地减少。吸附性大的溶质就会Z后流出。
液一固色谱适用于分离相对分子质量中等的油溶性样品，对具有不同官能团的化合物和异构体有较高的选择性。凡能用薄层色谱成功地进行分离的化合物，亦可用液一固色谱进行分离。缺点是由于非线性等温吸附常引起峰的拖尾现象。
（三）离子交换色谱法
离子交换色谱法是基于离子交换树脂上可电离的离子与流动相中具有相同电荷的溶质离子进行可逆交换，依据这些离子对交换剂具有不同的亲和力而将它们分离的一种方法。
离子交换色谱主要用来分离离子或可离解的化合物，它不仅用于无机离子的分离，例如稀土化合物及各种裂变产物，还用于有机物的分离。20世纪60年代前后，已成功地分离了氨基酸、核酸、蛋白质等，在生物化学领域得到了广泛的应用。
〔四）离子对色谱法
离子对色谱法是将一种（或多种）与溶剂分子电荷相反的离子（称为对离子或反离子）加到流动相或固定相中，使其与溶质离子结合形成离子对化合物，从而控制溶质离子的保留行为。
离子对色谱，特别是反相离子对色谱解决了以往难分离混合物的分离问题，诸如酸、碱和离子和非离子的混合物，特别对一些生化样品如核酸、核苷、儿茶酚胺、生物碱以及药物等的分离。另外还可以借助离子对的生成给样品引入紫外吸收或发荧光的基团，以提高检测的灵敏度。
（五）离子色谱法
离子色谱是目前唯yi能获得快速、灵敏、准确和多组分分析效果的方法，因而受广泛重视并得到迅速的发展。检测手段已扩展到电导检测器之外的其它类型的检测器，如电化学检测器，紫外光度检测器等。可分析的离子正在增多，从无机和有机阴离子至金属阳离子，从有机阳离子到糖类、氨基酸等均可用离子色谱法进行分析。
（六）空间排阻色谱
空间排阻色谱以凝胶为固定相，它的分离机理与其它色谱完全不同。它类似于分子筛的作用，但凝胶的孔径比分子筛要大得多，一般为数纳米到数百纳米。溶质在两相之间不是靠其相互作用力的不同来分离，而是按分子大小进行分离。分离只与凝胶的孔径分布和溶质的流体力学体积或分子大小有关。
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