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色谱柱使用正确十分重要，操作色谱仪稍有不慎就可能会降低柱效缩短其使用寿命甚至损坏。在它的操作过程中需要注意下列问题。
① 避免温度和压力的急剧变化以及任何机械震动。温度的突然变化或使色谱柱从高处掉下都会影响到柱内的填充状况；柱压的突然降低或升高也会影响到柱内填料，因此在调节流速时应该逐渐缓慢操作，但是进样阀的转动不能过缓。
② 应该逐渐改变试样样品溶剂的组成，特别是在反相色谱中不应该把有机溶剂直接改变为水反之亦然。
③ 一般情况下色谱柱不可以反冲，只有厂家说明色谱柱可以反冲时才可以使用反冲除去留在柱头的杂质。否则反冲就会迅速降低色谱柱效。
④ 选择使用适宜的流动相可以避免液相色谱仪固定相被破坏。还可以在进样器前面连接一根预柱，分析柱为键合硅胶时则预柱为硅胶，能够使流动相在进入分析柱之前预先被硅胶饱和可以避免分析柱中的硅胶基质被溶解。
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