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污水经一级处理后，用生物处理法继续去除其中胶体状和溶解性有机物及植物性营养物，将污水中各种复杂有机物氧化分解为简单物质的过程，称为二级生物处理。当含有有机物的工业废水拟选用生物法处理时，可选择图中所述的程序。
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1、负荷：生物处理反应器的负荷要控制在合理的范围内。
2、温度：好氧微生物在15～30℃之间活动旺盛;厌氧微生物的Z佳温度是35℃左右和55℃左右。
3、pH值：好氧微生物生长活动的Z佳pH值在6.5～8.5之间，而厌氧微生物的活动要求的Z佳pH值在6.8～7.2之间。
4、氧含量：空气曝气池出口混合液中溶解氧浓度应保持在2mg/L(纯氧曝气法要保持在4mg/L)左右，A/0工艺的A段溶解氧浓度要保持在0.5mg/L以下，而厌氧微生物必须在含氧量极低、甚至无氧的环境下才能生存。
5、营养平衡：废水中的各种营养物质不平衡，就会影响微生物的活性，进而影响处理效果。
6、有毒物质：废水中的有毒物质含量超过限度，就会影响微生物的活性，进而影响处理效果。
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