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对于相对分子量很大的生物大分子，使用落地式大容量垂直转子离心机分离非常有效。在垂直转子中，加在梯度上的样品由于重定向作用，面积变得很大，样品初始区带很窄，比用水平转子加样量大10～20倍。生物大分子的沉降距离是离心管直径，不是离心管长度，并且离心管插在转子边缘，Z小半径处的离心力比水平转子和角转子都大，在相同体积和转速下比使用其它转子节约时间5～10倍。
在垂直转子中也有三种因素对分离效果产生不力影响。首先是生物大分子通过离心管直径一半后，管壁开始收缩，随后壁效应越来越严重。其次是梯度横截面积大，梯度底部与顶部间距很短，区带有不同程度的扩宽。再次是梯度的重定向过程对已经获得分离的区带有不同程度的干扰。
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