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有多种。
1、按分析目的可分：化验室有机质谱仪和工业有机质谱仪。
2、按质量分析器的工作原理可分：单聚焦有机质谱仪、双聚焦有机质谱仪、四极杆有机质谱仪、离子阱有机质谱仪、飞行时间有机质谱仪和傅里叶变换离子回旋共振有机质谱仪等。
3、按结构可分：台式有机质谱仪和落地式有机质谱仪。
4、按联用方式可分：有机气相色谱质谱联用仪、有机液相色谱质谱联用仪、有机毛细管电泳质谱联用仪和多级有机质谱仪等。
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