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有多种。
1、按分离目的可分：实验室毛细管电泳仪和工业毛细管电泳仪。
2、按分离原理可分：毛细管色谱电泳仪、毛细管区带电泳仪、毛细管凝胶电泳仪、毛细管胶束电动电泳仪、毛细管等电聚焦电泳仪和毛细管等速电泳仪等。
3、按分离特征可分：GX毛细管电泳仪、高选择性毛细管电泳仪、高灵敏度毛细管电泳仪和高分离度毛细管电泳仪。
4、按分离对象的离子属性可分：无机离子毛细管电泳仪和有机离子毛细管电泳仪。
5、按分离对象的荷电性质可分：阴离子毛细管电泳仪、阳离子毛细管电泳仪和中性分子毛细管电泳仪。
6、按分离对象的属性可分：无机物毛细管电泳仪和有机物毛细管电泳仪。
7、按分离化合物的分子量可分：小分子化合物毛细管电泳仪和大分子化合物毛细管电泳仪（高分子化合物毛细管电泳仪）。
8、按分离规模可分：微型毛细管电泳仪、小型毛细管电泳仪和大型毛细管电泳仪。
9、按功能可分：分析型毛细管电泳仪和制备型毛细管电泳仪。
10、按灵敏度可分：微量毛细管电泳仪和痕量毛细管电泳仪（单细胞毛细管电泳仪和单分子毛细管电泳仪等）。
11、按作用可分：定量分析毛细管电泳仪和定性分析毛细管电泳仪。
12、按进样自动性可分：手动进样毛细管电泳仪和自动进样毛细管电泳仪。
13、按进样方式可分：电动进样毛细管电泳仪、压力进样毛细管电泳仪和扩散进样毛细管电泳仪。
14、按分离装置可分：一维毛细管电泳仪、阵列毛细管电泳仪和芯片毛细管电泳仪等。
15、按应用范围可分：专用毛细管电泳仪和通用毛细管电泳仪。
16、按产地可分：国产毛细管电泳仪和进口毛细管电泳仪。
17、按有无载体可分：载体毛细管电泳仪和无载体毛细管电泳仪。
18、按电源控制可分：恒压毛细管电泳仪、恒流毛细管电泳仪和恒功率毛细管电泳仪。
19、按用途可分：生物毛细管电泳仪、制药毛细管电泳仪、化工毛细管电泳仪、食品毛细管电泳仪、蛋白质毛细管电泳仪、多肽毛细管电泳仪、氨基酸毛细管电泳仪、核酸毛细管电泳仪、酶毛细管电泳仪、DNA测序毛细管电泳仪、基因毛细管电泳仪、细胞毛细管电泳仪、生物活性分子毛细管电泳仪、糖类毛细管电泳仪、抗生素毛细管电泳仪、维生素毛细管电泳仪、两性离子毛细管电泳仪、医用毛细管电泳仪、血液毛细管电泳仪、血清毛细管电泳仪、血浆毛细管电泳仪、免疫毛细管电泳仪、手性对映体毛细管电泳仪、农药毛细管电泳仪、兽药毛细管电泳仪、土壤毛细管电泳仪和水质毛细管电泳仪等。
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