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HLAI类基因区位于复合体的Z远端，即从端粒端的HCP5p15到MICB之间，长度为1．9Mb，包括122个基因座位，其中41个为表达基因，12个为后选基因，3个为非编码基因及66个假基因。根据编码产物分布、功能及多态性不同又可分为经典工类基因和非经典I类基因。
（1）经典HLAI类基因：又称HLA-Ia，是指Z早发现的三个功能基因即HLA-A、HLA-月和HLAC。HLA-Ia基因均具有高度多态性，如表4l所示，截至2006年7月，HLA-月座位被正式命名的等位基因数已达805个，是整个HLA区域中等位基因数Z多的一个座位，也即多态性Z丰富的一个基因座位。每个等位基因均可分别编码HLAI类分子重链（α链）。其轻链（β链）为β2m。
（2）非经典HLAI类基因：又称HLA-Ib，包括HLA-E、HLA-F、HLA-G三个座位。因其等位基因数的有限性、编码产物分布的局限性以及功能独特，而有别于经典HLA-A、HLA-B、HLA-C基因。其中的HLA-E基因位于HLA-C和HLA-A座位之间，已正式命名有5个等位基因。HLA-F基因位于HLA-C基因外侧。HLA-G基因位于HLA-A座位远侧，被正式命名的等位基因已有23个。
（3）MIC基因：MIC（MHCclasslchain-related）基因是1994年发现的+个家族，目前有5个成员，分别命名为MICA、MICB、MICC、MICD和MICE。其中MICA和MICB为功能基因，余为假基因。MICA基因定位在HLA-B基因着丝粒方向40kb处，是HLA-B基因Z近的邻居，且MICA具有高度多态性，等位基因数达61个，与HLAB存在连锁不平衡。
HLAI类区域内数目Z多的是假基因，占54．1％（N＝66），如HLA-L、HLA-K、HLAX等，其功能未明。
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