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Lable-free与iTRAQ
复杂的蛋白样品首先经过酶解形成肽段，再经过广泛分级，由自动化的串联质谱鉴定。差异蛋白质的定量研究是基于肽段水平而非完整的蛋白质，成为该工艺Zda的工艺特色，该工艺实现了样品分离与鉴定直接联合，完全自动化操作，可以用于各种蛋白质混合物的蛋白质组学分析，如血清、组织、各种体液以及尿液等。非标记定量工艺在定量蛋白质组学研究中受到了众多科学工作者的推崇。
【优点：信息量大，样本量低，检测低丰度蛋白更多，较于定量】
同位素标记较于和定量(isobarictagsforrelativeandabsolutequantitation，iTRAQ)工艺是一种新的、功能强大的可同时对四种样品进行和较于定量研究的方法。iTRAQ试剂为可与氨基酸N端及赖氨酸侧链连接的胺标记同重元素(isobaric)。在质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。而在串联质谱中，信号离子表现为不同质荷比(114～117)的峰，因此，根据波峰的高度及面积，可以得到蛋白质的定量信息。
【优点：定量更准，信息量较于少】
lable-free实验流程：
1、样本提取蛋白；
2、胰蛋白酶消化蛋白；
3、LC-MS/MS质谱检测及分析
iTRAQ实验流程：
1、样本还原、变性、半胱氨酸封闭；
2、胰蛋白酶消化蛋白；
3、消化蛋白的iTRAQ试剂标记；
4、混合标记蛋白到同一个试管内；
5、LC-MS/MS质谱检测及分析；
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