采用实时荧光PCR技术,针对致泻大肠埃希氏菌(DEC)特异性基因设计引物和探针。PCR扩增过程中,与模板结合的探针被Taq酶分解产生荧光信号,荧光定量PCR仪根据检测到的荧光信号绘制出实时扩增曲线,从而实现致泻大肠埃希氏菌(DEC)在核酸水平上的菌株鉴定。
1、核酸提取
加热法:刮取一环菌落,悬浮于100μL的无菌水中,漩涡震荡10s(如果菌落未能均匀分散,可适当延长震荡时间),95℃或沸水浴5min,冷却至室温,12000rpm离心5min,吸取上清。
试剂盒法:可使用商品化的试剂盒提取细菌的基因组DNA。
2、反应体系配置
从试剂盒中取出预混液,充分融化,涡旋后短暂离心,取20μL置于PCR管或PCR板中,然后各取模板5μL分别加入PCR管或PCR板中(每种模板要使用五种预混液),盖好管盖或板膜,短暂离心,立即进行PCR扩增反应。
3、PCR扩增
PCR管或PCR板置于PCR仪上,推荐反应程序设定如下:反应体系为25μL,在第二步每个循环60℃时检测荧光信号,检测通道选择FAM、HEX(VIC)、CY5。
DY步 | 第二步 | ||
1个循环 | 40个循环 | ||
95℃ | 95℃ | 60℃√ | 72℃ |
5min | 15s | 30s√ | 30s |
注:使用ABI系列PCR仪器,如果不添加ROX,“passive reference”和 “quencher”均选择“none”。
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